De herwonnen onafhankelijkheid begon met een flink aantal tegenslagen. Zo vertrokken de Russische militairen niet direct. Pas op 31 augustus 1994 vertrokken de laatste, na moeizame onderhandelingen. De economie stortte vrijwel volledig in, doordat het zogenaamde achterland onbereikbaar werd. Ook een energiecrisis in de winter van 1991-1992 droeg niet positief bij aan de ontwikkeling van het land.
Vanaf de zomer van 1992 werden de eerste stappen gezet naar een totale hervorming. Men begon met de nieuwe Estse Kroon, welke in waarde gekoppeld werd aan de Duitse Mark. Deze operatie zorgde voor een uniek saamhorigheidsgevoel onder de Esten, in korte tijd moest in heel het land geld geleverd worden. Dit verliep vlekkeloos, aldus de betrokkenen destijds.
De tweede stap die gezet werd, was een referendum om een nieuwe grondwet in te voeren. Deze werd aangenomen, waarna het mogelijk werd om nieuwe verkiezingen uit te schrijven voor de Riigikogu. Mart Laar werd premier en kreeg de taak om Estland verder te hervormen. Dit lukte mede doordat de vele staatsbedrijven werden geprivatiseerd. Nog geen twee jaar later, in 1994, waren tekenen van herstel te merken. De daaropvolgende regeringen hebben deze koers voortgezet.
Ook internationaal is Estland zich meer gaan profileren. Het land had zich in 1991 al aangesloten bij de Verenigde Naties, in maart en mei 2004 volgden respectievelijk de Europese Unie en de NAVO. Het Verdrag van Schengen werd in 2007 geratificeerd en het lidmaatschap van de OESO volgde in 2011. De economische groei en de keurige begrotingen van de ministers zorgden ervoor dat Estland als eerste Baltische staat kon toetreden tot de euro.
