In 1700 brak de Grote Noordse Oorlog uit, wat een keerpunt in de geschiedenis van zowel Estland als Zweden betekende. Deze oorlog stond voornamelijk in het teken van de machtsverhoudingen rondom de Oostzee.
Tot het begin van deze oorlog was Zweden hier oppermachtig, tot grote ergernis van onder andere Rusland, Denemarken, Noorwegen en Polen. De jaren ervoor had Zweden door veel strategische zetten veel macht gekregen, en was het zelfs gelukt om het tsarenrijk de toegang tot de Oostzee te ontnemen. De oorlog was een nederlaag voor Zweden, waarin zij onder andere Estland kwijtraakte.
In 1710, en pas definitief na de Vrede van Nystad in 1721, was Estland één van de drie Baltische Gouvernementen onder Peter de Grote. Door de oorlog en uitbraak van ziekten bleef van de bevolking weinig over. Ondertussen was Peter de Grote geïnspireerd door de Baltische adel van Duitse komaf. Hij maakte gretig gebruik van hun vakkundigheid om onder andere het bestuur van het Russische Rijk te moderniseren. Tevens was de bestuurlijke indeling van de gouvernementen zo ingericht dat er tamelijk veel vrijheid was in het besturen van de gebiedsdelen. Maar de vrijheden die men had onder Zweeds bewind, werden nooit meer geëvenaard.
De betrekkelijke rust in het tsarenrijk zorgde voor een vorm van stabiliteit waarin Estland zowel economisch als demografisch de roerige periode te boven kon komen. Het begin van de 19e eeuw kenmerkte zich door het afschaffen van het lijfeigenschap. Veel Estse boeren waren gebonden aan de adel. Het afschaffen zorgde nauwelijks voor verbetering van de leefomstandigheden; die kwamen pas in de tweede helft van de 19e eeuw toen ook land verkocht mocht worden aan de boeren.
Mede door deze ontwikkeling ontstond er naast de adel een Estse middenklasse. Onderwijs en andere voorzieningen waren niet meer voorbehouden aan de Baltisch-Duitse adel. Een punt dat ook de tsaren niet ontgaan is. Het meeste onderwijs werd tot dan toe slechts in het Duits gegeven. De eerste tsaar die hiertegen in verzet kwam was Alexander III. Onder zijn bewind ging de Russificatie van start.
