Het rekruteren van nieuwe soldaten bleek succesvol. Op gegeven moment bestond het Estse leger uit meer soldaten, 16000, dan het in Estland aanwezige Rode Leger, bestaande uit 12000 man. Deze overmacht wist de invasie te stoppen, en sloeg om in een Ests tegenoffensief.
Op 7 januari heroverden de Esten Tapa, even ten oosten van Tallinn, 12 januari viel Rakvere weer in Estse handen. Vijf dagen later, op 17 januari, landde op het strand van Udria een Fins-Estse eenheid, bestaande uit 1000 soldaten die een dag later Narva innamen. Jaan Anvelt en Leon Trotski, die daar toevallig aanwezig was, wisten te ontkomen.
De opmars van het Estse leger was niet te stoppen. De pantsertreinen, die Laidoner liet bouwen, werden strategisch ingezet. Zo ook in het zuiden, waar dankzij de inzet van een pantsertrein de stad Tartu werd veroverd. Eind januari volgden nog gevechten in de omgeving van Paju, welke gewonnen werden door Estland. Tot slot viel ook Valga weer in Estse handen, waardoor het Sovjetleger nu geheel van Ests grondgebied was verdreven. De gevechten gingen overigens wel door, maar op Lets grondgebied.
De Sovjets gaven zich niet zomaar gewonnen. Medio februari 1919 rekruteerden zij ruim 80000 soldaten die in Letland moesten gaan vechten. Het leger werd door hen het Estisch Rode Leger genoemd. In de praktijk bestond het overgrote deel van hen uit Russen. Echter zorgde deze nieuwe invasiemacht voor een nieuwe balans in de regio. Van beide kanten werd Estland weer aangevallen.
Bij Narva, zowel de stad als de rivier die als grens diende, probeerde het nieuwe Rode Leger Estland binnen te vallen. Doordat het Estse leger een bondgenootschap was aangegaan met het Noordwestelijke Witte Leger, kon die invasie afgeslagen worden. In het noorden van Letland boekte het “Estische” Rode Leger successen, zelfs enkele plaatsen in Zuid-Estland, waaronder Räpina, werden ingenomen.
Versterkingen waren inmiddels onderweg waardoor het Rode Leger voor de tweede keer teruggedreven kon worden. Op 29 maart viel de stad Petseri, reden voor het Rode Leger om zich uit die regio terug te trekken. Medio april werd in Võru nog een laatste aanval van de Russen afgeslagen.
